El origen de esta fecha es más grave de lo que su celebración actual suele reflejar: el 17 de noviembre de 1939, estudiantes checos protestaron en las calles de Praga contra la ocupación nazi. La represión que siguió incluyó el cierre de universidades checas y la ejecución o deportación a campos de concentración de varios líderes estudiantiles.
En 1941, el Consejo Internacional de Estudiantes en Londres declaró formalmente esta fecha como Día Internacional del Estudiante, en memoria de esos hechos — un acto que además marcó el punto de partida para la fundación posterior de la Unión Internacional de Estudiantes.
Con el tiempo, la fecha fue perdiendo ese contexto histórico específico en la celebración popular, y hoy muchas universidades la usan como una jornada más general de reconocimiento a la comunidad estudiantil internacional y su diversidad cultural, sin necesariamente referenciar su origen en la resistencia antinazi checa.